Table 5 Comparative analysis of allele frequencies between the Kazakh population (present study) and other ethnic populations (HapMap data)

SNP

ASW

CEU

CHB

CHD

GIH

JPT

LWK

MEX

MKK

TSI

YRI

rs3751812

0.26/0.11 (0.003)

0.26/0.46 (<10⁻⁵)

0.26/0.15 (0.01)

0.26/0.15 (0.009)

0.26/0.26 (1.000)

0.26/0.18 (0.1)

0.26/0.02 (<10⁻⁵)

0.26/0.17 (0.06)

0.26/0.13 (<10⁻⁵)

0.26/0.46 (<10⁻⁵)

0.26/0.07 (<10⁻⁵)

rs8050136

0.26/0.45 (<10⁻⁴)

0.26/0.46 (<10⁻⁵)

0.26/0.14 (0.002)

.26/0.16 (0.02)

0.26/0.26 (1.000)

0.26/0.18 (0.08)

0.26/0.49 (<10⁻⁵)

0.26/0.20 (0.09)

0.26/0.48 (<10⁻⁵)

0.26/0.46 (<10⁻⁵)

0.26/0.46 (<10⁻⁵)

rs9939609

0.25/0.49 (<10⁻⁵)

0.25/0.46 (<10⁻⁵)

0.25/0.15 (0.01)

.25/0.16 (0.03)

0.25/0.27 (0.8)

0.25/0.19 (0.2)

0.25/0.38 (<10⁻⁵)

NA

.25/0.47 (<10⁻⁵)

0.25/0.47 (<10⁻⁵)

0.25/0.49 (<10⁻⁵)

rs10811661

0.28/0.09 (<10⁻⁴)

0.28/0.20 (0.02)

0.28/0.42 (0.001)

0.28/0.44 (<10⁻³)

0.28/0.09 (<10⁻⁵)

0.28/0.48 (<10⁻⁵)

0.28/0.06 (<10⁻⁵)

0.28/0.11 (<10⁻³)

0.28/0.10 (<10⁻⁵)

0.28/0.19 (0.01)

0.28/0.02 (<10⁻⁵)

rs2383208

0.28/0.24 (0.5)

0.28/0.21 (0.09)

.28/0.40 (0.004)

0.28/0.41 (0.001)

0.28/0.09 (<10⁻⁵)

0.28/0.45 (<10⁻⁴)

0.28/0.21 (0.2)

0.28/0.14 (0.01)

.28/0.32 (0.2)

0.28/0.19 (0.02)

0.28/0.12 (<10⁻⁵)

rs1111875

0.41/0.23 (<10⁻⁵)

0.41/0.42 (<10⁻⁵)

0.41/0.32 (0.04)

0.41/0.31 (0.06)

0.41/0.41 (0.9)

0.41/0.35 (0.09)

0.41/0.19 (<10⁻⁵)

0.41/0.26 (<10⁻⁵)

0.41/0.24 (<10⁻⁵)

0.41/0.40 (<10⁻⁵)

0.41/0.13 (<10⁻⁵)

rs13266634

0.37/0.19 (<10⁻³)

0.37/0.24 (<10⁻³)

0 .37/0.47 (0.04)

0.37/0.44 (0.2)

0.37/0.23 (0.001)

.37/0.44 (0.2)

0.37/0.06 (<10⁻⁵)

0.37/0.19 (0.002)

0.37/0.05(<10⁻⁵)

0.37/0.25 (0.006)

0.37/0.07(<10⁻⁵)

rs4506565

0.15/0.49 (<10⁻⁵)

0.15/0.30 (<10⁻⁵)

0.15/0.07 (0.01)

0.15/0.04 (<10⁻³)

0.15/0.30 (<10⁻⁵)

0.15/0.03 (<10⁻⁴)

.15/0.49 (<10⁻⁵)

0.15/0.28 (0.005)

0.15/0.40 (<10⁻⁵)

0.15/0.39 (<10⁻⁵)

0.15/0.44 (<10⁻⁵)

rs5215

0 .34/0.19 (<10⁻⁵)

.34/0.40 (0.09)

0.34/0.35 (0.7)

0.34/0.35 (0.8)

0.34/0.40 (0.2)

0.34/0.34 (1.0)

0.34/0.03 (<10⁻⁵)

0.34/0.42 (0.3)

0.34/0.06 (<10⁻⁵)

0.34/0.29 (0.4)

0.34/0.01 (<10⁻⁵)

rs7756992

0.33/0.46 (<10⁻⁵)

0.33/0.28 (0.2)

0.33/0.48 (<10⁻³)

0.33/0.49 (<10⁻⁵)

0.33/0.24 (0.07)

0.33/0.46 (0.001)

0.33/0.42 (<10⁻⁵)

0.33/0.34 (0.9)

0.33/0.41 (<10⁻⁵)

0.33/0.24 (0.02)

0.33/0.39 (<10⁻⁵)

rs4712523

0.32/0.40 (<10⁻⁵)

0.32/0.24 (0.8)

0.32/0.42 (0.02)

0.32/0.41 (0.02)

0.32/0.23 (0.04)

0.32/0.41 (0.04)

0.32/0.34 (<10⁻⁵)

0.32/0.31 (0.6)

0.32/0.46 (<10⁻⁵)

0.32/0.28 (0.1)

0.32/0.31 (<10⁻⁵)

rs9465871

0.30/0.46 (<10⁻⁵)

0.30/0.16 (<10⁻⁵)

0.30/0.50 (<10⁻⁵)

0.30/0.48 (<10⁻⁵)

0.30/0.22 (0.05)

0.30/0.44 (<10⁻⁵)

0.30/0.45 (<10⁻³)

0.30/0.32 (0.8)

0.30/0.46 (<10⁻⁵)

0.30/0.16 (<10⁻⁴)

0.30/0.39 (<10⁻⁵)

rs7961581

0.25/0.17 (0.2)

0.25/0.25 (0.4)

0.25/0.20 (0.06)

0.25/0.19 (0.05)

0.25/0.36 (0.003)

0.25/0.23 (0.9)

0.25/0.20 (0.3)

0.25/0.15 (0.06)

0.25/0.20 (0.3)

0.25/0.40 (<10⁻³)

0.25/0.17 (0.02)

rs864745

0.38/0.23 (0.01)

0.38/0.49 (0.001)

0.38/0.24 (0.002)

0.38/0.22 (<10⁻³)

0.38/0.22 (<10⁻³)

0.38/0.21 (<10⁻⁵)

0.38/0.20 (<10⁻⁵)

0.38/0.38 (0.6)

0.38/0.26 (<10⁻³)

0.38/0.49 (0.006)

0.38/0.23 (<10⁻⁴)

rs12779790

NA

0.17/0.23 (0.04)

0.17/0.13 (0.8)

NA

NA

0.17/0.12 (0.3)

NA

NA

NA

NA

0.17/0.05 (0.001)

rs10490072

0.13/0.15 (0.6)

0.13/0.27 (<10⁻⁵)

0.13/0.02 (<10⁻⁴)

NA

0.13/0.15 (0.3)

0.13/0.01(<10⁻⁵)

0.13/0.04(0.001)

0.13/0.20(0.05)

0.13/0.02(<10⁻⁵)

0.13/0.21(0.009)

0.13/0.04 (0.001)

rs10923931

0.06/0.35 (<10⁻⁵)

0.06/0.09 (0.07)

0.06/0.02 (0.3)

0.06/0.02 (0.2)

0.06/0.21 (<10⁻⁵)

0.06/0.02 (0.2)

0.06/0.46 (<10⁻⁵)

0.06/0.09 (0.2)

0.06/0.36 (<10⁻⁵)

0.06/0.07 (0.2)

0.06/0.38 (<10⁻⁵)

rs7578597

0.06/0.27 (<10⁻⁵)

0.06/0.12 (<10⁻³)

0.06/0.14 (<10⁻⁵)

0.06/0.01 (0.008)

0.06/0.17 (<10⁻⁵)

0.06/0.01 (0.008)

0.06/0.36 (<10⁻⁵)

0.06/0.02 (0.3)

0.06/0.19 (<10⁻⁵)

0.06/0.06 (0.6)

0.06/0.33 (<10⁻⁵)

rs2025804

0.36/0.17 (<10⁻⁵)

0.36/0.38 (<10⁻⁵)

0.36/0.16 (<10⁻⁵)

0.36/0.11 (<10⁻⁵)

0.36/0.21 (<10⁻⁵)

0.36/0.15 (<10⁻⁵)

0.36/0.22 (<10⁻⁵)

0.36/0.35 (<10⁻⁵)

0.36/0.15 (<10⁻⁵)

0.36/0.27 (<10⁻⁵)

0.36/0.23 (<10⁻⁵)

rs2641348

0.05/0.35 (<10⁻⁵)

0.05/0.10 (0.01)

0.05/0.02 (0.09)

0.05/0.02 (0.08)

0.05/0.22 (<10⁻⁵)

0.05/0.02 (0.09)

0.05/0.46 (<10⁻⁵)

0.05/0.10 (0.06)

0.05/0.36 (<10⁻⁵)

0.05/0.08 (0.07)

0.05/0.38 (<10⁻⁵)

rs9472138

0.19/0.13 (0.2)

0.19/0.23 (0.2)

0.19/0.13 (0.07)

NA

0.19/0.22 (0.4)

0.19/0.09 (0.001)

0.19/0.23 (0.3)

0.19/0.20 (0.4)

NA

0.19/0.31 (<10⁻⁴)

0.19/0.15 (0.1)

rs1042714

NA

0.28/0.47 (<10⁻⁵)

0.28/0.12 (0.002)

NA

NA

0.28/0.08 (<10⁻³)

NA

NA

NA

NA

0.28/0.18 (0.03)

rs4994

0.17/0.08 (0.04)

0.17/0.09 (0.003)

0.17/0.11 (0.2)

0.17/0.14 (0.2)

0.17/0.11 (0.1)

0.17/0.19 (0.06)

0.17/ 0.09 (0.02)

0.17/ 0.09 (0.03)

0.17/0.13 (0.1)

0.17/0.04 (<10⁻⁵)

0.17/0.06 (<10⁻⁵)

rs1799883

0.35/0.22 (0.01)

0.35/0.33 (0.2)

0.35/0.32 (0.6)

0.35/0.21 (0.001)

0.35/0.36 (0.9)

0.35/0.32 (0.6)

0.35/0.19 (<10⁻⁵)

0.35/0.30 (0.6)

0.35/0.18 (<10⁻⁵)

035/0.25 (0.04)

NA

rs1801282

0.14/0.02 (<10⁻³)

0.14/0.10(0.2

0.14/0.05 (0.001)

0.14/0.03 (<10⁻⁵)

0.14/ 0.09 (0.09)

0.14/0.03 (<10⁻⁴)

NA

0.14/0.09 (0.5)

0.14/0.02 (<10⁻⁵)

0.14/0.07 (0.07)

0.14/0 (<10⁻⁵)

rs8192678

0.39/0.07 (<10⁻⁵)

0.39/0.35 (0.2)

0.39/0.40 (0.6)

0.39/0.40 (0.9)

0.39/0.30 (0.05)

0.39/0.47 (0.001)

0.39/0.02 (<10⁻⁵)

0.39/0.21 (<10⁻³)

0.39/0.08 (<10⁻⁵)

0.39/0.43 (0.5)

0.39/0.04 (<10⁻⁵)

rs780094

0.35/0.12 (<10⁻⁵)

0.35/0.41 (0.3)

0.35/0.41 (<10⁻⁵)

NA

0.35/0.20 (<10⁻⁴)

0.35/0.42 (<10⁻⁵)

0.35/0.10 (<10⁻⁵)

0.35/0.34 (0.7)

NA

.35/0.50 (<10⁻⁴)

0.35/0.12 (<10⁻⁵)

rs7944584

0.13/0.06 (<10⁻⁵)

0.13/0.30 (<10⁻⁵)

0.13/0.05 (<10⁻⁵)

NA

0.13/0.22 (<10⁻⁵)

0.13/0.02 (<10⁻⁵)

0.13/0 (<10⁻⁵)

0.13/0.19 (<10⁻⁵)

NA

0.13/0.36 (<10⁻⁵)

0.13/0 (<10⁻⁵)